کسب مرجعیت علمی مستلزم انجام تحقیقات کیفی است. این مرجعیت زمانی حاصل می گردد که پژوهش انجام شده مورد استفاده قرار گیرد تا آنجا که افزایش میزان استفاده مترادف با افزایش مرجعیت قلمداد می شود.
هر چند افزایش کمی علم شرط لازم برای مرجعیت علمی است، اما شرط کافی نیست. مجلات علمی اساس محتوای پایگاه های استنادی را تشکیل می دهند و این پایگاه های مدعی نمایه سازی معتبرترین مجلات علمی دنیا هستند. از نگاه پایگاه های استنادی، میزان استفاده از نتایج پژوهشی که در مجلات علمی منتشر می گردند میزان اعتبار آنها را تعیین می نماید، به همین دلیل در سطح بین المللی پایگاه های استنادی به عنوان مرجع اندازه گیری برتری علمی بکار می روند. بررسی پایگاه استنادی آی.اس.آی در ۲۵ سال گذشته نشان می دهد که ۴۱٪ از کمیت علم تولید شده دنیا حتی یکبار نیز مورد استفاده قرار نگرفته اند. در همین حال مابقی کمیت تولید علم دنیا بیش از ۴۰۰.۰۰۰.۰۰۰ بار مورد استناد قرار گرفته اند.
استنادها مهمترین شاخص مرجعیت علمی در دنیای علم امروز محسوب می شوند و میزان استفاده از پژوهش انجام شده را نشان می دهند. اما مقایسه استنادها بدون هنجاری سازی مقایسه ای اشتباه است. تفاوت در فرهنگ استناد و همچنین تفاوت در اندازه رشته ها باعث می گردد تا آثار علمی در همه رشته ها به صورت یکسان مورد استناد قرار نگیرند. همچنین استنادها تحت تاثیر عامل زمان قرار می گیرند به این معنی که به طور متوسط آثار قدیمی تر استنادهای بیشتری نسبت به آثار جدیدتر دریافت می کنند. همچنین نوع مدرک نیز بر تعداد استناد دریافتی تاثیر می گذارد. به عنوان مثال مقالات مروری نسبت به مقالات غیر مروری استنادهای بیشتری دریافت می کنند. بنابراین قبل از هر مقایسه ای در حوزه استناد نیاز به هنجاری سازی (نرمال سازی) است.
طی ارزیابی شاخصهای رتبه بندی موسسات پژوهشی وابسته به وزارت علوم و یا موسسات دارای دانشجو براساس مصوبه وزارت علوم انجام گرفت، موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور رتبه ششم را کسب نمود. این رتبه بندی بر مبنای معیارهای پژوهشی، آموزشی،وجهه بین الملل، تسهیلات و فعالیتهای اجتماعی و اقتصادی تقسیم بندی استوار می باشد.
از نظر پژوهشی معیارهای قابل بررسی شامل تعداد مقالات ارائه شده در مجلات ملی و بین المللی، تعداد استنادها، پراستنادترین مقاله، تعداد ثبت یافته و اختراع و حجم پژوهشی، موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور رتبه ششم را در سال 94-1393 در بین 19 موسسه علمی پژوهشی کسب نموده است.
از نظر آموزشی که معیارها شامل تعداد دانشجو، تعداد دانشجویان خارجی، نسبت استاد به دانشجو، دانشجویانی که رتبه ملی و بین المللی کسب نموده اند، دانشجویان پر استناد، موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور ازبین 19 موسسه رتبه چهارم را کسب نموده است.
از نظر وجه بین المللی که معیارها روابط بین المللی، نسبت فارغ التحصیلان خارجی به داخلی، کنفرانسهای بین المللی مهمترین آنها میباشند از نظر تسهیلات که شامل تعداد عناوین کتاب و مراکز تابعه موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور از بین 19 موسسه مذکور رتبه اول را کسب نموده است.
قابل ذکر است موسسه تحقیقات علوم شیلاتی تنها موسسه وابسته به سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی است که در این رتبه بندی با سایر موسسات پژوهشی کشور (19 موسسه) مقایسه شده است و رتبه ششم را در مجموع کسب نموده است.