امروزه نرم افزارهای پیشرفته شبیه ساز که براساس پارامترهای مورفومتریکی و مریستیکی کار می کنند این قابلیت را مهیا نموده اند که جمعیت های مختلف حیوانات، حشرات و آبزیان را براساس این صفات تفکیک و ازمیزان تشابه و فواصل جمعیتی به راحتی آگاهی پیدا کنیم. همچنین این امکان وجود دارد که پارامترهای خیلی زیادی از یک ماهی را ثبت نموده و سپس براساس وزن دهی (امتیازدهی) پارمترهایی که بالاترین امتیاز را کسب نمودند به عنوان شاخص تفکیک جمعیت مورد استفاده قرار گیرند. علاوه بر این از شاخص های رشد هم به عنوان ابزار دوم پس از بررسی مورفومتریکی و مریستیکی می توان به عنوان یک الگو (شاخص) کمک گرفت. در این نرم افزارها تک تک افراد جزء به جزء مورد بررسی قرار گرفته و از نظر جایگاه جمعیتی با تصاویر گرافیکی درصد قرابت و خویشاوندی آنها محاسبه می شود که می توان در خصوص والد و نسل حاصل از آن نتایج لازم را استخراج نمود. البته تاکید می شود که از این نرم افرارها در دنیا به وفور جهت تعین تفرق یا تشابه جمعیتی برروی جوندگان و پرندگان استفاده می گردد که در ایران نیز در طرح کلان SPF ماهی قزل آلای رنگین کمان علاوه بر کار ژنتیکی از این روش نیز استفاده گردید که این دو روش کاملا نتایج یکسانی را از نظر ساختار جمعیتی ارایه نمودند. روش کار بر اساس صفات مورفومتریکی، ژئومتریکی و صفات رشد (1- فاکتورهای رشد 2- فاکتورهای تغذیه ای). صفات مورفومتریکی شامل: طول کل، وزن کل، طول استاندارد، طول سر، پهنای سر، ارتفاع بدن، طول قاعده باله پشتی، طول قاعده باله مخرجی و ارتفاع ساقه دمی؛ صفات رشد شامل: میانگین افزایش وزن (MWG )، میانگین افزایش طول (MLG )، نرخ رشد ویژه (SGR)، میانگین ضریب رشد (MGR )، ضریب بقا (SR)، ضریب چاقی (Kn)، افزایش وزن (WG)، افزایش طول (LG)، افزایش وزن روزانه (DWG)، افزایش طول روزانه (DLG) و صفات تغذیه ای شامل: ضریب تبدیل غذایی ( FCR)، ارزش غذایی پروتئین (NPU)، بازدهی غذا (FE)، نرخ بهره وری پروتئین (PER) می باشند. در این پروژه جهت شروع کار از 2 هزار قطعه پیش مولد، به عنوان مولدین پایه از مراکز تکثیر، کار آغاز شد. (در انتخاب مراکز تلاش می شود از نقاط مختلف کشور با حداکثر فاصله گله تهیه گردد). جهت زیست سنجی ماهیان به تفکیک هرمنطقه (کارگاه) ابتدا ماهیان با عصاره گل میخک با کمترین دوز به حالت نیمه بیهوشی در آمده و سپس با قرار گرفتن روی میز کار مدرج، صفات مورد نظراندازه گیری و در فرم های مربوطه که جهت این کار از قبل طراحی گردیده است ثبت شدند. پس از ثبت اطلاعات، ماهیان تگ گذاری و بعد ازعلامت گذاری از تمامی ماهیان از یک نمای واحد تصویر دیجیتالی(عکس) تهیه گردید. اطلاعات این تصاویر با شماره تگ ها و اطلاعات زیست سنجی در بانک اطلاعاتی اکسل لینک شدند. عملیات زیست سنجی ماهانه بوده و اطلاعات مورد نظر جمع آوری شده جهت تجزیه و تحلیل ماهانه و فصلی مورد استفاده قرار گرفت. در این تجزیه و تحلیل ها، پارامترهای رشد و تغذیه ایی هم محاسبه و مورد ارزیابی قرار گرفت تا در زمان تکثیر، مولدین اصلح انتخاب شوند. آنالیز تصاویر دیجیتالی تهیه شده بلافاصله پس از اولین بیومتری شروع و ترکیب جمعیت گله ها مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. پس از جمع آوری داده های مورفومتریکی و تغذیه ایی ابتدا داده ها در برنامه اکسل براساس فرمت طراحی شده ثبت شده و پس از آن شاخص های مد نظر براساس معادلات استاندارد معتبر در اکسل محاسبه گردید. رگراسیون های مربوطه که در تحلیل ها می توان از آنها بهره برد در این مرحله محاسبه و ترسیم شد. ضرایب همبستگی تمامی پارامترهای مورفومتریکی و شاخص های مربوطه در این مرحله محاسبه گردید. با استفاده از برنامه 22 spss کارتحلیل عاملی و آنالیز تشخیصی صفات انجام پذیرفت، با این آزمون ها شاخص های اصلی در تفرق جمعیتی تعین و کار غربالگری نمونه ها انجام می پذیرد. پس از آن بر اساس تصاویر تهیه شده از تک تک افراد جامعه موجود با استفاده از نرم افزارهای tpsUtil –tpsDig -Past -MorphoJ جمعیت های قابل تمایز از نظر میانگین صفات مورد مقایسه قرار گرفته و بر اساس آنها از یکدیگر جدا شدند. در مرحله آخر نیز براساس تمایز جمعیتی و بالاترین شاخص های رشد و تغذیه ای پیشنهاد لقاح از بالاترین افراد حائز شرایط گروه و از بهترین افراد با بالاترین شاخص داده شد.