جهت رسیدن به این هدف می بایست اصولی در مهندسی و طراحی این سیستم در نظر گرفت والمان های مهم طراحی مهندسی در آن کامل مشخص گردد، از مهمترین المان های که برای طراحی می بایست در نظر گرفته شود سازه مناسب و متناسب با نیازهای این سیستم میباشد که در آن بازچرخش آب و همچنین طراحی تأسیسات مکانیکی و برقی متناسب با ظرفیت سیستم و سازه انتخابی مد نظر قرار گرفته شده است. از سازه های که بدین منظور برای استفاده از سیستم بیوفلاک مورد استفاده قرار می گیرد ، می توان به سازه ها و حوضچه های گرد و همچنین در صورتی که از سیستم های Race way استفاده می شود از سازه های گردگوشه نام برد، همچنین تأسیسات مکانیکی و برقی شامل هواده های مختلف از جمله هواده های افقی و عمودی، پمپ های مختلف تخلیه و آبگیری و باز چرخش، شیرهای اتوماتیک و نیمه اتوماتیک، سیستم های گرمایشی و سیستم های کنترلی در سیستم با استفاده از تکنولوژی بیو فلاک استفاده می گردد. جهت استفاده از سیستم های بیوفلاک می بایست هم به مزایا و هم معایب آن اشاره شودکه بهره برداران محترم با اذعان و اطلاع از موضوعات ، انتخابی مناسب داشته باشند ، که نمونه های از آن در زیر آورده شده است. مزایا: حفاظت از آب، پایداری کیفیت آب، کاهش استفاده از کود، امکان تولید در تمام طول سال، رشد سریعتر، استفاده بهینه از منابع غذا، کاهش نیازمندیهای غذایی، افزایش محصول و پایداری در تولید .معایب: سرمایه گذاری بیشتر، مصرف انرژی بیشتر، وابسته بودن به برق، نیاز به تکنسین ، تخصص لازم از آنجایکه کشورمان درمنطقه کم آب جهان واقع است و نیاز به استفاده بهینه از منابع آب و تامین پروتئین در آن بسیار حائز اهمیت است لذا استفاده از سیستم های بروز شده و حل چالش های فنی و مهندسی در آن کاملاً محسوس است که در این بین طراحی فنی مناسب منطبق با اصول سیستم های کارا و بروز می تواند بسیاری از چالش ها را به فرصت تبدیل نماید.