علیرغم توجه و اجرای پروژه های تحقیقاتی کشت فوق متراکم میگو، بهره مندی از سیستم بیوفلاک موضوع نسبتا جدیدی است که در کنار تولید انبوه، به کاهش استفاده ازآب وغذا به عنوان دو موضوع مهم محیط زیست و اقتصاد تولید نیز پرداخته است. دراین سیستم امکان ذخیره سازی 300 تا 800 پست لارو میگو درهرمترمکعب (دستیابی به 6-2 کیلو میگو درهرمترمکعب) وجود دارد. با بهره گیری از باکتری های هتروتروف و اتو و شیمیوتروف و افزودن منابع کربوهیدراتی به سیستم پرورش میگو در کنار غذای پلت با پروتئین کل حداقل 35 درصد می توان ضمن تبدیل آمونیاک به نیتریت توسط باکتری های نیتروزوموناس، تبدیل نیتریت به نیترات توسط باکتری های نیتروباکتر و تبدیل نیترات به گاز نیتروژن توسط پسودوموناس ها سمیت این ترکیبات را کاهش داده، ضمن آنکه نسبت 10 تا 20 کربوهیدرات به 1 نیتروژن با فرآیند کلیت شدن توسط میکروارگانیسم هایی چون باکتری ها، ریز جلبک ها، قارچ ها، آغازیان، دتریت ها و سایر ترکیبات، بسته های کوچک غذای پروتئینی میکروبی تولید خواهد نمود که به کاهش ضریب تبدیل غذایی و متعاقب آن به کاهش هزینه تمام شده محصول کمک نموده بطور موازیبا نقش رقابتی با عوامل پاتوژن از بروز بیماری های دراین فوق متراکم جلوگیری خواهد نمود. این سیستم با توجه به نیازبه مواد مغذی بسیار زیاد، مشکلات عدیده ای دارد که مدیریت برتر همچون بهره مندی ازسیستم های گلخانه‌ای باقابلیت کنترل شرایط فیزیکی و شیمیایی آب و هوا، مهندسی استخرها به خصوص در نصب تجهیزات مورد نیاز وسهولت صید ماهی، پایش دقیق وضعیت آب استخرها، بهره گیری از تجهیزات سوسپانسیون سازی رسوبات، خارج نمودن بخشی از مواد سوسپانسیون از سیستم، هوادهی مناسب در کنار تنظیم دمای آب و نور دهی و .... بسیار ضروری است. در شروع فرآیند، این سیستم بسیارپرهزینه خواهد بود ولی با اجرای پروژه به خصوص امکان تولید دو یا سه بارمیگو در سال(چنانچه به پست لارو در طول سال دسترسی باشد) بسرعت به نقطه سربه سرخواهد رسید و سود خالص آن افزایشی خواهد بود. امروزه با توجه به نوسانات قیمت ارز، افزایش قیمت محصول میگو در بازار جهانی و داخلی، مشکلات حاصل از کمبود منابع آبی و تاکید به استفاده از سیستم های کم مصرف آب در صنعت آبزی پروری، کاهش میزان غذای مصرفی و در نهایت مهمترین مولفه انگیزشی اجرای چنین پروژه هایی، یعنی آلودگی کمتر آب خروجی از مزارع پرورشی به خصوص میگو که از رشد شتابانی در صنعت آبزی پروری کشور برخوردار می باشد، بهره مندی از سیستم گلخانه ای با تکنولوژی بیوفلاک در جهت تولید فوق متراکم میگو می تواند یک پروژه تحول ساز، اثر بخش، دوستدار محیط زیست و اقتصادی باشد.