۱. طراحی و اجرای طرح‌های پایلوت درخصوص پروژه‌های تقاضا محور و همچنین کاربردی نمودن نتایج آنها و ترویج دستاوردهای تحقیقاتی.
۲. حمایت و توسعه تجاری سازی نتایج و دستاوردهای تحقیقاتی در قالب ایجاد شرکت‌های دانش بنیان در مراکز تابعه.
۳. استمرار تحقیقات در زمینه تنوع بخشی به تولید فرآورده‌های شیلاتی ، انواع گونه‌های آبزیان پرورشی اقتصادی با هدف توسعه وتولید پایدار.
۴. تکمیل و توسعه بانکهای ژن آبزیان و بکارگیری ملاحظات ژنتیکی در حفاظت ، بهره برداری ، بازسازی ذخایر و اصلاح نژاد آبزیان پرورشی.
۵. توسعه تحقیقات در زمینه بکارگیری فن‌آوریهای نوین در عرصه‌های مختلف زیست فنآوری ، فرآوری ، بهداشت وبیماری‌ها و آبزی‌پروری (شامل حوزه‌های نانو، هسته‌ای ، پرورش در قفس ،پرورش در سیستم‌های بدون تعویض آب ، پروبیوتیک‌ها ، آبزی‌پروری ارگانیک و ...)
۶. ارتقاء بهره‌وری و کاهش هزینه‌های تولید از طریق استمرار تحقیقات در زمینه کاهش ضایعات تولید ، بهبود روش‌های صید و پرورش آبزیان ، بهبود فرمولاسیون غذای آبزیان پرورشی و شناسایی و پیشگیری از بروز بیماری‌های خطرناک و واگیردار.
۷. استمرار تحقیقات در زمینه بررسی اثرات زیست محیطی فعالیت‌های شیلاتی و ارائه راه‌کارهای مناسب برای توسعه شیلاتی ، آبزی پروری مسئولانه و تنوع بخشی گونه‌ای.
۸. تداوم تحقیق و بررسی وضعیت اکولوژیک خلیج فارس، دریای عمان ، دریای خزر و منابع آبهای داخلی کشور در راستای بهره‌برداری پایدار.
۹. تدام انجام هماهنگی ملی درخصوص پیش‌بینی ، کنترل و مقابله با تهدیدات بیولوژیک در منابع آبی کشور شامل: کشند قرمز، شکوفایی عروس دریایی و شانه‌دار مهاجم.
۱۰. توسعه تحقیقات به منظور بررسی منابع آبزی تحت حاکمیت کشور ، شناخت خصوصیات زیستی آبزیان مثل تعیین زمان‌ها و مکان‌های تخم‌ریزی و سایر معیارهای بیولوژیک آبزیان.
۱۱. توسعه همکاریهای منطقه‌ای و بین‌المللی درخصوص توسعه آبزی‌پروری و ذخایر مشترک آبزیان.
۱۲. تداوم مطالعات در زمینه بهینه سازی و اصلاح ادوات صید با هدف کاهش صید ضمنی.
۱۳. پایش مستمر ذخایر با هدف تعیین ذی توده آبزیان اقتصادی قابل برداشت و بررسی زیستگاه‌های حساس شیلاتی از قبیل زیستگاههای مرجانی ، چراگاههای مصنوعی و ......
۱۴. بسط تعامل و همکاری با سازمانهای و نهادهای مرتبط دولتی و غیردولتی در راستای فعالیت‌های مختلف شیلاتی در حوزه‌های صید‌، آبزی‌پروری ، فرآوری و بهداشت و بیماری‌های آبزیان با هدفحفظ سلامت و بهداشت محصول و همکاری درتدوین استانداردها ، دستورالعمل‌ها ، تشخیص آبزیان و فرآورده‌های شیلاتی حلال وحرام.
۱۵. توسعه تحقیقات بمنظور تولید فرآورده‌های بیولوژیک غذایی ، داروئی و صنعتی از آبزیان.
۱۶. استمرار فعالیت‌های تحقیقاتی درخصوص راههای پیشگیری و کنترل بیماری‌های عفونی و غیرعفونی ، ارتقای سیستم ایمنی آبزیان ، ارزیابی و امکان سنجی تولید کیت‌های تشخیص سریع و واکسن بیماری‌های واگیر و خطرناک آبزیان هم گام با انجام تحقیقات کاربردی در زمینه مدیریت بهداشت و بیماریهای آبزیان بویژه درخصوص بیماری‌های اخطارکردنی (Notifiable)، بیماریهای نوپدیده (EmergingDiseases) و بازپدید (Reemerged diseases).
۱۷. انجام تحقیقات در زمینه پیشگیری ، کنترل و درمان بیماریها و افزایش بازماندگی ورشد آبزیان با استفاده از محرک‌های ایمنی همچون جلبکها ، پروبیوتیکها، پری بیوتیکها ، سین بیوتیکها و فیتوبیوتیکها.
۱۸. تبیین و توسعه تحقیقات کاربردی در زمینه تولید گونه‌های آبزی مقاوم (SPR)، عاری از بیماری (SPF) و تحمل پذیر در برابر بیماریها (SPT) .
۱۹. توسعه تحقیقات در زمینه استانداردسازی و مصرف بهینه داروها و موادشیمیایی مورد مصرف در آبزی پروری با تاکید بر تحقیقات کاربردی در زمینه استفاده از گیاهان داروئی و داروهای گیاهی به منظور ملاحظات زیست محیطی، رعایت و حفظ سلامت و بهداشت عمومی و ارتقاء ضریب امنیت غذایی جامعه.
۲۰. ارزیابی اقتصادی و اجتماعی فعالیت‌های بخش اجرا با تاکید بر رویکرد اقتصاد مقاومتی و مبانی توسعه پایدار.
۲۱. ایجاد وبهبود زیرساخت شبکه IT ، بانک داده‌ها و پایگاه جامع پژوهشی موسسه.
۲۲. تقویت سامانه الکترونیکی منابع علمی (گزارش پروژه‌ها ، پایان‌نامه‌ها و مقالات ) به منظور دسترسی آسان و مستندسازی دستاوردهای پژوهشی.
۲۳. تقویت ارتباطات علمی و پژوهشی با سازمانهای تخصصی مرتبط و همچنین همکاریهای منطقه‌ای و بین‌المللی در قالب تفاهم‌نامه‌های فیمابین.
۲۴. برنامه‌ریزی در زمینه مدیریت بهینه دوره‌های دکتری پژوهش محورشیلاتی.
۲۵. استقرار ایمنی فضای آزمایشگاه‌ها و پرسنل مربوطه در واحدهای تابعه موسسه همراه با ارتقاء پایگاه اطلاعاتی فضاهای یاد شده به منظور کاهش هزینه‌های ناشی از خرید تجهیزات و مواد آزمایشگاهی .
۲۶. بهینه سازی و به هنگام سازی روش‌های آزمایشگاهی معتبر و استانداردسازی کلیه فعالیت‌های آزمایشگاهی بر مبنای استانداردهای ملی و بین‌المللی با هدف اخذ گواهینامه‌های معتبر از مراجع ذیصلاح.