اهداف و وظایف 
هدف, انجام تحقیقات علمی –کاربردی پیرامون موضوعات مرتبط با آبزیان و محیط زیست آنان جهت حفاظت و بازسازی ذخایر و بهره
برداری پایدار شیلات ایران از منابع زنده موجود در آبهای موضوع ماده ۳ اساسنامه شرکت سهامی شیلات ایران مصوب ۱۶/۱۱/۱۳۶۴ هیات وزیران و موضوع ماده ۲ قانون حفاظت و بهره بردای از منابع آبزی جمهوری اسلامی ایران مصوب ۱۴/۶/۷۴ مجلس شورای اسلامی می باشد.
وظایف مؤسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور
۱- بررسی, ارائه و تعیین هدفهای اساسی و خط مشی های کلی و برنامه ریزی در همه سطوح تحقیقات و آموزش شیلاتی کشور
۲- تحقیق و بررسی پیرامون حیات گونه های مختلف (اعم از جانوری و گیاهی) در اکوسیستم های مختلف آبی
۳- تحقیق و بررسی پیرامون میزان ذخایر, تعیین زمان و مکان مناسب صید و بهره برداری اصولی و منطی از آن به منظور بهره برداری و توسعه پایدار
۴- تحقیق و بررسی پیرامون ادوات و آلات صید وشناورهای صیادی و معرفی مناسبترین روش استفاده از آنها
۵- تحقیق و بررسی بیوتکنولوژیک در زمینه های بنیادی- کاربردی و توسعه ای به منظور استفاده بهینه از منابع شیلاتی کشور
۶- تحقیق پیرامون روشهای تکثیر و پرورش آبزیان واجد ارزش شیلاتی
۷ - تحقیق پیرامون سازگاری آبزیان اقتصادی در محلهای جدید و امکان معرفی گونه های جدید در آبهای حوزه فعالیت شیلات ایران
۸ - تحقیق پیرامون حفاظت از منابع و ذخایر آبزیان در آبهای حوزه فعالیت شیلات ایران (آبهای واقع در محدوده حاکمیت و مالکیت دولت جمهوری اسلامی ایران و خارج از آن)
۹- تحقیق در زمینه ارزیابی و چگونگی بازسازی ذخایر آبزیان اقتصادی و پیشنهاد مقدار, محل و زمان رهاسازی بچه ماهیان و سایر آبزیان و نظارت بر آن
۱۰- تحقیق پیرامون آلاینده های آبهای حوزه فعالیت شیلات ایران و بررسی اثرات آن بر محیط زیست و موجودات آبزی.
۱۱- تحقیق پیرامون تغذیه, بهداشت و بیماریهای آبزیان
۱۲- تحقیق در زمینه عمل آوری و تولید فرآورده های نوین از آبزیان
۱۳- تحقیق پیرامون صنایع و سازه های شیلاتی در زمینه های آبزی پروری و ماهیگیری
۱۴- تحقیق در زمینه اصلاح نژاد و حفظ ذخایر ژنی آبزیان
۱۵- انجام مطالعات و تحقیقات اقتصادی و اجتماعی زیر بخش شیلات
۱۶- همکاری و مشارکت در پروژه های تحقیقاتی شیلاتی ملی, منطقه ای و بین المللی و ارائه خدمات فنی تخصص به سایر کشورها منطبق با سیاستهای دولت جمهوری اسلامی ایران.
۱۷- تحقیق پیرامون شرایط و عوامل زیستی آبزیان و بررسی و ثبت تغییرات حاصله از آمار شیلاتی و انطباق آن با استانداردهای بین المللی موجود.
۱۸- برنامه ریزی و برگزاری دوره های آموزشی و سمینارها و کارگاههای تخصصی در زمینه های مختلف علوم شیلاتی
۱۹- انتقال اطلاعات و یافته های علمی و فنی و تحقیقاتی به بخشهای اجرایی شیلاتی به منظور ارائه آموزشهای ترویجی علوم و صنایع شیلاتی جهت رشد فعالیتهای شیلاتی بخشهای سه گانه اقتصادی کشور(دولتی- تعاونی و خصوصی)
۲۰- مبادله اطلاعات علمی, برگزاری و مشارکت در همایش های ملی, منطقه ای و بین المللی و تبادل کارشناس با موسسات تحقیقاتی و دانشگاه های داخلی و خارجی
۲۱- جمع آوری و پردازش آمار و اطلاعات و ایجاد بانک های اطلاعاتی مورد نیاز
۲۲ - ایجاد پژوهشکده های تخصصی و مراکز و ایستگاه های تحقیقاتی و آموزشی در مناطق مورد نظر
۲۳- انجام هرگونه فعالیت و تحقیق علمی دیگر که بنا به تصویب هیئت امنا در چار چوب وظایف قانونی موسسه ضرورت داشته باشد