یکی
از مشکلات اصلی در کشت ریزجلبک ها وجود احتمالی آلاینده های بیولوژیکی است. ارتباط
بین ریزجلبکها و سایر میکروارگانیسم ها
از جمله باکتری ها، قارچ ها، ویروس ها بطور معمول در محیط های طبیعی وجود دارد.
این میکروارگانیسم ها در سیستم های پرورش باز به وفور و در سیتمهای پرورش بسته نیز
بندرت دیده می شوند . اصلی ترین میکروارگانیسمهای هم زیست و هم
سفره درکشت ریز جلبک ها باکتری ها و اصلی ترین عامل انگلی، قارچها هستند.شایعترین
عوامل مشاهده شده در کشت ریز جلبک ها در ذیل اشاره گردیده است.