ضایعات فرآوری ماهی به خاطر داشتن ترکیبات آلی، پتانسیل بالایی برای تولیدکمپوست دارد. کمپوست غنی از مواد مغذی، سازگار با محیط زیست و بدون سم است و می‌توان از آن به عنوان یک منبع تجدید پذیر کود آلی به جای کود‌های شیمیایی در کشاورزی استفاده کرد. کمپوست طی فرآیند بیولوژیکی، در شرایط هوازی در حضور اکسیژن تولید می‌شود.
pH نهایی کمپوست به شدت تحت تاثیر مواد آلی طی مراحل تجزیه کمپوست می‌باشد. مقدار نمک در کمپوست بر روی جوانه زنی بذر و سلامت ریشه گیاه موثر است. ضایعات فرآوری ماهی را می‌توان با فرآیند تبدیل زیستی به کمپوست سازگار با محیط زیست تبدیل کرد.