ترکیبات کلر به طور گسترده در صنایع غذایی استفاده می‌شوند تا باکتری‌ها را کشته و محصولات تولیدی را ضدعفونی نمایند. عوامل ویژه‌ای مانند حضور مواد آلی، pH، درجه حرارت، غلظت و زمان تماس می‌توانند روی قدرت عملکرد کلر تاثیر داشته باشند. مزایای استفاده از کلر:1. سهولت تهیه و نگهداری 2.مقرون به صرفه بودن نسبت به سایر روش‌ها 3.استفاده آسان 4.تأثیرگذاری بالا در گندزدایی 5.قابلیت انعطاف و تغییر دوز در مصارف مختلف. رایج‌ترین شکل‌های کلر مورد استفاده در صنعت فرآوری آبزیان شامل هیپوکلریت کلسیم (به شکل دانه یا پودر) و هیپوکلریت سدیم (به صورت مایع ) هستند. متداول‌ترین روش، استفاده از مخزن‌هایی برای تولید محلول غلیظ نمک هیپوکلریت کلسیم یا سدیم است که در نهایت به مخازن بزرگ حاوی آب کلر نهایی، پمپ شده و تا میزان مورد نظر رقیق می‌شود. روش دیگر، ورودی ثابت از یک محلول با غلظت بالای هیپوکلریت در جریان آب ورودی از طریق دستگاه های اتوماتیک و نیمه اتوماتیک مانند پمپ جریان سنج می‌باشد. ماهی و فرآورده های شیلاتی می‌توانند از طریق فرآیندهای ناپیوسته، با فرو بردن در وان‌ها، و یا پیوسته، به وسیله اسپری نمودن (با و یا بدون فشار)، در معرض ترکیبات حاوی کلر قرار گیرند. ماهی در آب زمان ذوب شدن یخ، بیشتر می‌تواند تحت تاثیر کلر آزاد قرار گیرد. دوره یخ‌گذاری از زمان صید یا برداشت (آبزیان پرورشی) بستگی به عمر ماندگاری گونه ماهی دارد. تعداد دفعاتی که ماهی و فرآورده‌های شیلاتی در فاصله بین تخیله صید/برداشت، تا کارخانه عمل‌آوری می‌تواند در معرض کلر قرار داده شود به زنجیره‌های توزیع و بازاریابی بستگی خواهد داشت. تعداد دفعات قرارگیری در معرض کلر در طول فرآوری، بستگی به شرایط ماده اولیه، نوع محصول نهایی و نوع تکنولوژی مورد استفاده در کارخانه دارد. آب‌های کلرینه‌ای که در تماس با ماهی و محصولات شیلاتی نباشند، در صنایع فرآوری آبزیان برای اهداف مختلفی مانند نظافت ماشین‌آلات و تجهیزات، ابزار (مانند چاقوها، تخته‌های برش)، البسه (چکمه‌ها، دستکش‌ها، پیش بندها)، شستشوی سبدها و جعبه‌های خالی (در صورت لزوم)، ضدعفونی دست‌ها پس از شستشو و برای خنک کردن محصولات استریل شده (مانند قوطی‌ها، بطری‌ها و کیسه‌هایی که از اتوکلاو خارج شده‌اند)، کاربرد دارند.